Na insurreição pernambucana , grupos de indígenas e africanos escravizados combateram ao lado das forças portuguesas e brasileiras, enquanto outros grupos lutaram ao lado dos holandeses. Mas muitos outros aproveitaram a guerra para fugir em direção aos matos e serras. Seu objetivo eram os quilombos, povoados organizados pelos escravos fugidos das vilas, fazendas e engenhos. Nesses lugares, os africanos e seus descendentes viviam como homens e mulheres livres e reorganizavam sua vida social e econômica - família, trabalho, governo, cultos, etc. - segundo os costumes e tradições de suas regiões da África.
Os senhores de terras e engenhos não podiam viver sem escravos, "seus pés e suas mãos", como diziam. Passaram a castigar duramente aqueles que tentavam escapar e perseguir até a morte os que fugiam das propriedades e se tronavam quilombolas, ou seja, moradores dos quilombos.
Os quilombos da região dos Palmares tornaram-se, é claro, a grande preocupação dos senhores de terras e das autoridades da capitania. Inúmeras expedições foram enviadas a esses locais, sem resultado.
Em 1678 o governo da capitania chegou a um acordo com Ganga-Zumba, o rei dos Palmares. Esse foi posteriormente rejeitado por Zumbi, o novo rei dos quilombolas palmarinos.
A guerra só terminou em 1694, com o cerco e a destruição dos últimos redutos dos Palmares e a prisão e morte de Zumbi no ano seguinte.
